Durante a Guerra do Paraguai foi palco de uma das principais batalhas e a Freguesia de Santa Cruz de Corumbá, nome que passou a ter, foi ocupada e destruída por tropas de Solano Lopez, em 1865. A partir de 1870, ao ser retomada pelo tenente-coronel Antônio Maria Coelho, a cidade começou a ser reconstruída. Na mesma época, imigrantes europeus e de outros países sul-americanos chegaram à cidade.